Nhật Bản là một trong các quốc gia cung cấp nhiều học bổng nhất cho sinh viên Việt Nam. Số lượng học bổng chính thức của Chính phủ Nhật Bản (học bổng Monbukagakusho-MEXT) trao cho sinh viên Việt Nam hằng năm chỉ đứng sau số học bổng ADS của chính phủ Úc. Ngoài học bổng MEXT, sinh viên có nguyện vọng du học tại Nhật Bản còn có thể nộp đơn xin một số học bổng khác như học bổng JDS do Cơ quan hợp tác quốc tế của Nhật (JICA) cấp, học bổng của Hiệp hội giáo dục quốc tế Nhật Bản (AIEJ), học bổng của Ngân hàng phát triển Châu Á (ADB), hay nhiều trường đại học, tổ chức và cá nhân khác.